Атмосфера Юпитера очень активна, со множеством штормов, вихрей и других атмосферных явлений. Состоит в основном из водорода и гелия, с небольшими количествами других газов, таких как метан, аммиак, сера и вода. Она делится на несколько слоев, каждый из которых имеет свои уникальные особенности.

Верхняя стратосфера содержит слоистые облака, состоящие из аммиака и гидросульфида аммония. Здесь температура увеличивается с высотой. Стратосфера также содержит полосы облаков, которые видны на фотографиях Юпитера.

Ниже стратосферы находится мезосфера, где температура снова начинает снижаться с глубиной. Это также область, где происходит большое количество штормов и вихрей.

В нижней части атмосферы находится тропосфера. Этот слой содержит большинство облаков и имеет самую высокую скорость ветра - до 600 км/ч. Тропосфера переходит в глубокий слой, называемый стратопазухой, где температура остается относительно стабильной.

Под стратопазухой находится слой, известный как зона, где градиент температуры становится отрицательным. Ниже зоны находится молекулярное ядро, где давление и температура становятся экстремальными.

Ядро Юпитера, размером в полторы Земли, как полагают, каменное, хотя оно никогда не наблюдалось напрямую.